Το Σεπτέμβρη του 1991 τρία από τα βασικά ιδρυτικά μέλη της Ελληνικής Εταιρείας Εθνολογίας, ο Λευτέρης Αλεξάκης, η Ελένη Κοβάνη και η Ανδρομάχη Οικονόμου, επιστρέφοντας στην Αθήνα από τα Νέα Λιόσια όπου είχαν παρακολουθήσει ένα τοπικό Συνέδριο, άνοιξαν μια μη αναμενόμενη συζήτηση για την ίδρυση επιστημονικής εταιρείας. Ειδικότερα ο πρώτος εκ των τριών έριξε την ιδέα για την ίδρυση μιας εταιρείας η οποία θα είχε ως σκοπό τη μελέτη και την προαγωγή των ανθρωπολογικών και εθνολογικών επιστημών στην Ελλάδα, την έκδοση επιστημονικού περιοδικού και την οργάνωση εκδηλώσεων (διαλέξεων, συνεδρίων κλπ.).

Η πρόταση του έγινε δεκτή με ενθουσιασμό και προχώρησαν σ’ένα πρόχειρο καταμερισμό της εργασίας. Ο Λευτέρης Αλεξάκης θα προσπαθούσε να κάνει επαφές με άλλους συναδέλφους στο Κέντρο Ερεύνης Ελληνικής Λαογραφίας της Ακαδημίας  Αθηνών όπου εργαζόταν ως ερευνητής και η Ελένη Κοβάνη στο Εθνικό Κέντρο Κοινωνικών Ερευνών (ΕΚΚΕ) όπου εργαζόταν επίσης ως ερευνήτρια. Ο Λευτέρης Αλεξάκης θα έκανε επιπλέον την επιλογή ενός καταστατικού το οποίο με την κατάλληλη επεξεργασία θα προσαρμοζόταν στο πνεύμα και στις ανάγκες τις καινούργιας εταιρείας. Η Ανδρομάχη Οικονόμου θα εκτελούσε χρέη γραμματέως, καθόσον ήταν η μόνη που διέθετε τότε ηλεκτρονικό υπολογιστή.

Η επιλογή πράγματι του καταστατικού έγινε από έναν αριθμό καταστατικών παρεμφερών εταιρειών και κατέληξε στο καταστατικό της Εταιρείας Μελέτης του Νέου Ελληνισμού (ΜΝΗΜΩΝ), το οποίο όμως ήταν συνταγμένο στη καθαρεύουσα και έπρεπε να μεταφερθεί στη δημοτική. Η απόδοση του κειμένου του καταστατικού στη δημοτική έγινε από τον ίδιο τον Λευτέρη Αλεξάκη μια και το γλωσσικό αυτό όργανο δεν ήταν ακόμα πλήρως διαμορφωμένο ως προς τη νομική γραφή. Το σχέδιο του καταστατικού απεστάλη πριν από την ιδρυτική συνέλευση και την έγκριση στα υποψήφια ιδρυτικά μέλη για να υποβάλουν γραπτώς τις παρατηρήσεις τους, οι οποίες θα μπορούσαν να συζητηθούν στη συνέλευση.

Το καταστατικό της εταιρείας συζητήθηκε λεπτομερώς και εγκρίθηκε στη καταστατική γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στις 18 του Δεκέμβρη του 1991 στην αίθουσα ομιλιών του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών και υπογράφηκε από 35 ιδρυτικά μέλη. Ακολούθως εξελέγη Προσωρινή Διοικούσα Επιτροπή από πέντε μέλη μέχρι την εκλογή με αρχαιρεσίες του πρώτου Διοικητικού Συμβουλίου της Εταιρείας. Τα μέλη της επιτροπής ήταν: Λευτέρης Αλεξάκης, Ελένη Κοβάνη, Ανδρομάχη Οικονόμου, Γιούλη Παπαδοπούλου, Ειρήνη Τουντασάκη. Το ιδρυτικό μέλος Γιούλη Παπαδοπούλου ως νομικός ανάλαβε να προωθήσει το καταστατικό της Εταιρείας στο Πρωτοδικείο Αθηνών προς έγκριση, η οποία τελικά πραγματοποιήθηκε την άνοιξη του 1992. Με την ίδια διαδικασία εγκρίθηκε ο εσωτερικός κανονισμός της Εταιρείας και του περιοδικού ΕΘΝΟΛΟΓΙΑ στις 29 Ιουνίου 1992.

Η Εταιρεία σύμφωνα με το καταστατικό άρχισε να οργανώνει κύκλους ομιλιών/σεμιναρίων ανά δεκαπέντε μέρες πάνω σε διάφορα θέματα. Οι ομιλίες γίνονταν αρχικά στην αίθουσα ομιλιών του ΕΚΚΕ και αργότερα μετά τη μετακόμιση του Ιδρύματος στη Μεσογείων, στην αίθουσα ομιλιών του ΜΕΛΜΟΚΕ (Μουσείο Ελληνικών Λαϊκών Μουσικών Οργάνων), στην Πλάκα.

Ήδη το 1992 κυκλοφόρησε ο πρώτος τόμος του περιοδικού ΕΘΝΟΛΟΓΙΑ, επίσημου οργάνου της Εταιρείας. Ο πρώτος τόμος εκδόθηκε με επιχορήγηση του Υπουργείου Πολιτισμού (Διεύθυνση Λαϊκού Πολιτισμού), το οποίο έκτοτε συνεχίζει να το ενισχύει σταθερά με επιχορηγήσεις. Μέχρι σήμερα έχουν εκδοθεί δεκατρείς τόμοι ποικίλου περιεχομένου, ενώ έχουν εκδοθεί και τρεις τόμοι – αφιερώματα: α) Οι Ρομά στην Ελλάδα, β) Όψεις της ανθρωπολογικής έρευνας και σκέψης στην Ελλάδα γ) Ανθρωπολογία και Συμβολισμός στην Ελλάδα.

Στην επέτειο των δέκα χρόνων (Δεκέμβρης 2001) από την ίδρυση της Εταιρείας πραγματοποιήθηκε σε συνεργασία με το ΕΚΚΕ Διεθνής Επιστημονική Συνάντηση στην Αθήνα (αμφιθέατρο Ζέρβα Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών) με θέμα «Όψεις ανθρωπολογικής σκέψης και έρευνας στην Ελλάδα», με συμμετοχή Ελλήνων και ξένων ανθρωπολόγων/εθνολόγων.

Μέλη της Εταιρείας έχουν εγγραφεί μέχρι σήμερα περίπου 150 επιστήμονες, από τους οποίους το 80% έχει πραγματοποιήσει προπτυχιακές και μεταπτυχιακές ανθρωπολογικές/εθνολογικές σπουδές στην Ελλάδα ή στο εξωτερικό. Η Εταιρεία είναι ανοικτή υπό ορισμένους όρους, και σε επιστήμονες άλλων ειδικοτήτων, οι οποίοι ενδιαφέρονται για την Ανθρωπολογία και την Εθνολογία.

Σύμβολο της Εταιρείας, στη σφραγίδα και το εξώφυλλο του περιοδικού ΕΘΝΟΛΟΓΙΑ είναι παράσταση ανθρώπινης μάλλον γυναικείας μορφής (θεάς ή ιέρειας) από την προϊστορική Μήλο (πρωτοκυκλαδική περίοδος). Η παράσταση συμβολίζει τη διαχρονικότητα του ανθρώπου και του πολιτισμού. Η πρόταση για την υιοθέτηση αυτού του συμβόλου έγινε από το ιδρυτικό μέλος Ανδρομάχη Οικονόμου.